新生儿癫痫发作的治疗目的是中止发作和治疗引起发作的病因或诱因。为了确定合理的治疗方案，提高对新生儿发作的治疗效果，应特别注意以下情况：发作是否为痫性发作、可能的病因和危险因素、发作的时程和严重性、某些特殊发作性疾病的自然病程、发作和抗癫痫药对脑发育的影响等。
新生儿出现癫痫发作是一种严重疾病，容易伴发呼吸、血压、及心率的改变，因此，在发作急性期应当重视保持合适的通气功能和循环灌注，利于成功抢救新生儿。
一旦明确了可治性的病因，应立即针对病因治疗，特异的病因治疗对这些发作患儿最为重要，否则任何抗癫痫药都无济于事。
非癫痫源性发作、病因治疗有效的癫痫源性发作、发作短暂且稀少的新生儿发作不需抗癫痫药治疗。而对发作时程长、短期复发的癫痫源性发作者，应及时应用抗癫痫药治疗。治疗新生儿发作的一线抗癫痫药主要包括静脉应用苯巴比妥、苯妥英钠、苯二氮卓类（地西泮、氯羟西泮）。
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