命门这一概念首见于《黄帝内经》，“太阳跟于至阴，结于命门。命门者，目也”《灵枢·根结》。这里的命门是指目而言的。命门的另一种记载则见于《难经·三十六难》：“脏各有一耳，肾独有二者何也？然肾二者非皆肾也，其左为肾，右者为命门，命门者诸神精之所舍，元气之所系也，男子以藏精，女子以系胞，故知肾有一也。”自秦汉以后，历代医家皆以《难经》所言为准，虽然对其部位争论不休，但对其功能的阐述则较前人有所发挥，尤其到了张景岳所处的年代，争鸣更甚。

两肾皆属于命门

在总结前人经验的基础上，结合自己所学，张景岳提出：“肾脏者，主先天真一之气，北门锁钥之司也，而其所以为锁钥者，正赖命门之闭固……为一身化生之源也，此命门与肾本同一气……是命门原属于肾，非有别为一脏也。”（《类经附翼·求正录·三焦包络命门辨》）。他首先肯定了肾即是命门，命门即是肾。但为什么肾有二而命门一呢？“肾二者，坎外之偶也，命门一者坎中之奇也，一以统两，两以包一，是命门总乎两肾，而两肾皆属于命门。”张景岳此说将《难经》左肾、右命的观点进行了统一，这是比较合理的，是有一定进步意义的。

脏腑活动以命门为中心

对于命门的生理功能，张景岳认为是人一生之主宰，人的生长、发育、衰老、死亡，以及疾病的发生、发展和治疗是与命门有密切关系的。他在《景岳全书》中指出：“凡寿夭生育及勇怯精血病治之基，无不由此。”同时又指出：“命门者，为水火之府，阴阳之宅，为精气之海，为生死之窦。”认为命门的功能如此重要，就是靠其所藏的元阴和元阳。元阴即元精，元阳即元气，元精是构成人体的物质基础，元气是人体进行生命活动的动力，精主濡之，气主煦之，濡之则用之不竭，煦之则生化无穷，所以“五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。”分而言之则为：“心主赖之则君火以明，肺赖之则治节以行，脾胃赖之则三焦气化，大小肠赖之则传导自分。”（《类经附翼·求正录·真阴论》）他的这一观点，强调了命门对人体生理活动的统摄作用，从而确立了脏腑活动是以命门为中心的思想，这一论点虽然与内经所论心为君主之官，为五脏六腑之大主的观点不同，但经临床验证，是有一定实际意义的。

在疾病的发生发展及治疗上，张景岳认为元阴和元阳之间的平衡失调是产生一切疾病的根源。阴精的亏乏，则机体可产生一系列以阴虚为主的疾病，而阳气不足则又可产生一系列以阳虚为主的疾病。所以他在《类经附翼·求正录·真阴论》中说：“水亏其源，则阴虚之病迭出；火衰其本，则阳虚之病迭出。”人体之所以产生疾病，是因正气不足，外邪才得以乘虚而入，而正气足否，是由人体内阴阳盛衰来决定的，阳盛则阴病，阴盛则阳病。根据这些张景岳继而提出：“凡乱有所由起，病有所生，故治病必当求其本，盖五脏之本，本在命门，神气之本，本在元精。”从而他力主调补阴阳，虚则补之，实者抑之，以达到阴平阳秘的境地，疾病也就无由以生了。

观张景岳所创立的方剂如左、右归丸，大补元煎等方剂，大都是以调补阴阳为主的。阴虚则育阴涵阳，阳虚则扶阳培阴，强调：“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷。善补阴者，必于阳中求阴，阴得阳升则源泉不竭。”他的这种观点较唐代王冰“益火之源以消阴翳，壮水之主以制阳光”的观点又前进了一步，避免了孤阳不生，独阴不长，阴盛格阳，阳盛格阴的情况，这对目前中医临床确实有很大的指导意义。