我国自1981年在上海发现本病，以后北京、河北、天津、福建、吉林、山东、湖北、广东等十几个省（市）均有报导。1983年天津发生CoxA16引起的手足口病暴发流行，5～10月间发生了7000余病例；经过2年散发流行后，1986年又出现了以托儿所及幼儿园为主的暴发。1995年武汉病毒研究所从手足口病人中分离出EV71病毒，1998年深圳市卫生防疫站从患者分离出2株EV71病毒。2000年5～8月山东省招远市小儿手足口病暴发，市人民医院接诊患儿1698例，其中男1025例，女673例，年龄最小5个月，最大14岁；3例合并暴发心肌炎死亡。

卫生部新闻办公室主任邓海华今日指出，2009年3月全国通过传染病网络直报系统报告的手足口病病例是54713例，死亡31例。从今年年初到4月7号，网络直报显示，全国累计报告手足口病例115618例，其中重症773例，死亡50例　2007年5月21日，2007年全国共报告手足口病5459例，死亡2例。与去年同期(2488例)相比，报告病例数上升119.41%。

从近年报告的疫情资料来看，手足口病每年的发病时间高峰位于7月份左右。由于2007年全国气温上升较早，专家预测，可能导致手足口病发病高峰提前，2007年全国手足口病报告病例数将进一步增加。

进入2008年后，手足口病呈蔓延趋势，春季在安徽、广东、天津、宁夏等多地爆发，后得到有效控制。2008年5月全国共报告手足口病17.6万余例，死亡40例。2008年下半年山东菏泽出现部分疫情，但被瞒报，直到2009年3、4月迫于舆论当地政府公布疫情。截至4月7日，全国累计报告手足口病例115618例，其中重症773例，死亡50例。菏泽市共有患儿4557例，12例死亡。民权县共有患儿709例，死亡8例。两地疫情在省内均居第一。在死亡病例中，山东菏泽13人、河南商邱11人、河南开封5人。报告病例比较多的是河南、山东、江苏、广西、安徽、广东、河北、湖北、湖南和浙江，这十个省报告的病例数占总病例数的80%，报告的病例以婴幼儿为主，5岁以下占到了94.8%，3岁以下占到了77.6%。

2009年我国手足口病发病处于上升阶段!卫生部新闻办公室主任邓海华昨天指出,从今年初到4月7日,全国累计报告手足口病例115618例,死亡50例。从广东省卫生厅获悉,全省今年累计报告手足口病例已有6000多例,预计下月将进入发病高峰期。　在死亡病例中,山东荷泽13人、河南商丘11人、河南开封5人。报告病例比较多的是河南、山东、江苏、广西、安徽、广东、河北、湖北、湖南和浙江,这十个省报告的病例数占总病例数的80%。报告病例以婴幼儿为主,5岁以下占到了94.8%,3岁以下占到了77.6%。今年疫情发病比往年有所提前,主要流行在农村地区。