中医五运六气学说认为，人生活在天地间，受天地自然气候影响而生存，气候正常则人健康少病，气候失常、反常会导致“戾气”流行，传染病流行。而对气候失常、反常的推测则有一套格局，即：每一年有一个大运，主宰着近地空间的全年气候特点，大运十年一周期；大运之下的地表和地内的气候因素称小运，小运有五，即将一年365.25天分为五个节段（五运），每运73天有奇；大运之上的高空气候因素称六气，即将一年分为六个节段（六气），每气60.875天。

五运、六气每个节段内分别有主、客两种气候因素起作用，即运有主运、客运，气有主气、客气之分。所谓“主”，即年年不变的气候因素，是由我国所处的地理位置决定的；所谓“客”，就是年年不同、总有变化的气候因素，是由大气环流和日地空间的空间因素造成的。这样，变化着的客气、客运加临在不变的主气、主运之上，再与变化着的大运相迭加，同者相加，反者相抵，不同不反者五行生克乘侮，就产生了自然界空间中年年不同、但又有大体相似节律的我国气候。其中客气出现在不该出的时间节段中可以造成气候反常、客气与大运五行相克多致气候失常、客气与大运五行属性相同时强度相加亦可导致气候超常剧烈。气候失常或反常时，一方面人体抵抗力下降，一方面致病气出现，往往造成传染病的发生和流行。

古代医家据甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸这种十天干以定“运”；子、丑、寅、卯、辰、已、午、未、申、酉、戌、亥这十二地支以定“气”。前人结合五行生剋理论，推断每年气候变化与疾病的关系。但其中不少是牵强附会之说，现已少用。