《神农本草经》出于《山海经》之后，两者重名的药物仅有44味，但具体内容相去甚远，没有必然的渊源关系。而《本草纲目》充分吸收了《神农本草经》的学术思想及相关内容，是李时珍药物学成就的源头，如药物的四性五味、主治功效、有毒无毒，组方的君臣佐使、七情和合等。

《神农本草经》与《山海经》的关系

“太古书，今见存者，有《神农经》(注：即《神农本草经》)和《山海经》”（晋代张华《博物志》）。《山海经》的成书和作者无法确定。过去认为是禹、伯益所作。大约出于周秦人的记载，现代学者多认为成书非于一时，作者亦非一人。成书时间大约是从战国初期至汉代初年，巴蜀和齐鲁一带的人所作，到西汉校书时才合编在一起。其中许多内容可能是来自民间口耳相传所得。其书名及内容最早见之于西汉刘向、刘歆父子的校刊整理并著录于《七略》之中。晋代郭璞曾为之作注。刘歆是《山海经》最早的编辑者，因为此前司马迁的《史记》(约公元前104～公元前91年)并无记录。对《山海经》考证注解者还有清代毕沅的《山海经新校正》和郝懿行的《山海经笺疏》。

《山海经》虽然成书于西汉刘向、刘歆父子所处的时代，但其内容传载之事却是先秦之事，主要记载了古代神话故事、地理、物产、巫术、宗教、古史、医药、民俗、民族等方面的内容。全书18卷，其中“山经”5卷，“海经”8卷，“大荒经”4卷，“海内经”1卷，共3万余字。记载了100多个古代邦国的山水地理、风土物产，其中“山经”所载内容大部分是当时巫师、方士和祠官的踏勘记录。

《山海经》记载的动物、植物、矿物品名772种，其中139种内容涉及到医用功能，占所载物品的18％。在这139种之中，有44种的名称与《神农本草经》药物相近和相同。这44种两书均载的药物都是后世医家注释《神农本草经》时要引用《山海经》资料的理由。

通过《神农本草经》所载365味药物与《山海经》所载772种之物比较，有以下几点不同：一是药品相合的不多；二是药物种源不同；三是《山海经》不是专言品物之书，因而139种有药用功能的品物是分散的，主治功用也是随意记载的，没有分类迹象，纯属原生的自然状态。而《神农本草经》是传载药物的专著，因而365种药物分类明确，品名、性味、主治功用的文字陈述有序而集中。因此，《山海经》中所载药物内容更早于《神农本草经》，两者不存在必然的渊源关系，前者更多地表现为药物的原始状态和当时人们的原生态认识。