肺动脉高压的发生涉及一个复杂的过程。有一些患者原因“未知”，有一些是遗传性的，有一些有特殊的病因。但总体而言，诱发肺动脉高压的具体机制还不十分清楚。
上海远大心胸医院专家认为，当肺动脉的内层发生异常过程时，可能引起肺动脉高压。肺动脉高压的内层由内皮细胞组成，能够分泌许多保持血管正常功能的化学物质。当你患有肺动脉高压时，这些化学物质间的平衡丧失。
上海远大心胸医院专家表示，内皮素和血栓素的水平增加，前列环素和一氧化氮的水平下降，导致肺动脉功能异常：血管的异常收缩和舒张；细胞不可控制的生长；控制血管收缩和舒张的 细胞（平滑肌细胞）变大并被疤痕组织（由于“纤维化”）覆盖，不能发挥其正常的功能；应死亡并被清除的衰老细胞继续存活，并存留在血管中使每层血管衬层的 细胞量增多；血细胞，如血小板和红细胞，连同过多的纤维样物质，在血管内互相粘结，形成大的、被称为“血栓”的血凝块。
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