2009年公布的“基本药物目录”(基层部分)中成药只有102种，远远不能满足临床基本需求。全国政协委员、中国中医科学院原院长姚乃礼说:“许多疾病及常见证候没有基本药物，临床只能做到有什么药用什么药，而不是需要什么药用什么药，既影响疗效，又浪费钱财。”

姚乃礼介绍，2005版国家药典收载中成药品种1062种，而2009年列入基本药物目录的仅102种，不足2005版国家药典的1/10。如果以国家药典《临床用药须知》收载的1423种计算，则“基本药物目录”收载的比例仅有1/14。再加上地区差异、常见病及用药习惯的不同以及其他原因，中药品种就显得更少了，临床上常常是无药可选。

“中医治疗疾病的原则是辨证论治，基本药物目录品种过少，如何选择？”姚乃礼说，在国家颁布的《中医临床诊疗术语》标准中，收载的常见证候为1043个，国家药典《临床用药须知》收载的药典品种涉及的常见病证有141类。而“基本药物目录”中，按病证类别只有69个，每个专科用药少得可怜，除内科用药外，其他各科多则五六种，少则一二种。

姚乃礼认为，造成这种情况，主要是在基本药物目录的制定中，未能充分尊重中医诊疗用药的特点。从限制品种数量考虑得多，而对临床需求考虑不足；对经济考虑得多，而对保障用药考虑不足。基本药物目录试行以来，各省市已经陆续根据各地的情况通过了必要的补充目录。如上海市2010版目录已达到688种，增加品种为381种，增加幅度达到124％，其中中成药增加145种。这说明原有目录品种过少，所以国家基本药物目录必须尽快调整。