大多数病毒自身缺乏代谢系统，须在宿主细胞内完成复制，所以，抗病毒药在对病毒产生作用的同时，对正常细胞也有一定的影响，从而可导致相关不良反应发生。目前，临床使用的抗病毒药往往是一种药物针对某种病毒，如果没有针对具体病毒而滥用抗病毒药，不仅用药后起不到相应的治疗效果，相反还可能产生药物不良反应。

阿昔洛韦  又名无环鸟苷、甘泰，口服用药时可出现食欲减退，长期口服还可出现头痛、眩晕、恶心、腹泻、关节疼痛等，其主要经肾由肾小球滤过和肾小管分泌而排泄，可发生肾小管内药物结晶沉积，引起肾功能损害。

利巴韦林  又名三氮唑核苷、病毒唑，口服时部分患者可能发生腹泻。如果长期、大量应用则可能引起溶血性贫血、白细胞减少、肝功能异常、心率减慢等不良反应。动物实验表明，该药可导致胎儿畸形，故妊娠妇女，特别是妊娠头3个月应禁用。另外，哺乳期妇女、严重贫血、胰腺炎、有心脏病史或明显心脏病症状患者也不要使用利巴韦林。

金刚烷胺  主要不良反应是中枢神经系统不良反应，如头晕、嗜睡、失眠、易激动、神经质、焦虑、注意力不集中、轻微头痛，甚至出现共济失调、行为改变、抽搐等。其次是胃肠道不良反应，主要表现为恶心、厌食，但一般症状较轻，停药后大多可迅速消失。皮疹也是常见的不良反应。此外，部分患者服药期间出现畏光。妊娠妇女、脑动脉硬化、癫痫以及其他中枢神经系统疾病患者禁用。