根据2011年6月发表在《Applied and Environmental Microbiology》杂志上的一篇文章,土壤中的弗兰克菌属细菌有产生多种天然产物,包括抗生素、除草剂、色素、抗癌药物和其他有用产品的潜力。New Hampshire大学微生物学和遗传学副教授、弗兰克菌属专家Louis Tisa,促成了这项研究的基因组分析。
“我们能够使用尖端技术来鉴别弗兰克菌属有机体内的意想不到的化合物,”Tisa说。由Scripps海洋学研究所Bradley Moore领导的研究人员发现弗兰克菌属的基因结构类似于多种的珍贵的天然产物,利用这些天然产物可制造大部分的药用的天然抗生素。
弗兰克菌属是与放线菌植物(包括山毛榉、樱桃树)共生的固氮菌,他们以前没有被开发利用,一部分原因是因为这些细菌在实验室中很难生长。但新的遗传学的方法使移植弗兰克的有希望的天然产物的基因至更友好的宿主菌中变得更加容易。
Tisa与他的前研究生、现任实验室技术员Nicholas Beauchemin在该项目上合作,他说:“我们发现了一些独特的、没有人认为要去这些细菌中寻找的物质。”
Tisa的实验室提供了促进基因组挖掘的生物学的观点,基因组挖掘是一个涉及基因序列搜索的最近技术,它对于实验结果是关键的,并且对几十年不变的艰苦的传统天然产物药物发现是一种补充,Moore说。
该项目增加了一个研究生班,由Moore和共同作者Daniel Udwary(Moore的博士后,现在美国Rhode Island大学)教授“微生物基因组挖掘”。这些学生-论文大多数的合著者-注释了他们的基因和以生物合成的原则为基础,并预测了导致公认的天然产物的途径。然后,他们于加州California大学Pieter Dorrestein的实验室工作,Tisa进行了初步的蛋白质组学和代谢组学的分析,以探测预测的途径是否有效以及小分子的化学性质是否显而易见。
