军事医学科学院放射与辐射医学研究所、蛋白质组学国家重点实验室杨晓明研究员和贺福初院士所领导的科研团队联合复旦大学、湖北大学等优势单位完成的研究论文“Toward an understanding of the protein interaction network of the human liver”，于2011年10月11日发表在最新一期《分子系统生物学》杂志。该论文阐释了目前世界上最大的人类器官蛋白质相互作用网络连锁图框架，标志着我国在人类蛋白质相互作用网络研究领域进入世界先进水平。

生命有机体是由蛋白质组成的 “分子社会”，就像人类社会一样，每个蛋白质需要和许多不同的蛋白质发生相互作用，构成复杂关系网络协调指挥几乎所有的生命活动，因此，全景式研究蛋白质相互作用而得出的蛋白质相互作用连锁图谱是解读蛋白质“天书”的重要“密匙”之一。

据估算，人类蛋白质大约有13 万对相互作用，当前所有的已知数据仅鉴定了不到8%。杨晓明研究员和贺福初院士率领的科研团队瞄准前沿、开放协作，依托蛋白质组学国家重点实验室，建立了全国性的合作研究体系和国际先进的高通量、自动化蛋白质相互作用研究平台。筛选了5026种人类肝脏蛋白质相互作用，共获得2582种肝脏蛋白质之间的3484种高可信度相互作用，其中92%的相互作用为人类首次发现。

该成果还揭示了肝脏特异表达蛋白质、代谢酶、肝脏疾病蛋白质及重要信号通路分子的相互作用特点，提供了63个未注释蛋白质功能线索，135个信号转导通路间潜在的相互交联分子，并预测了21个肝细胞癌相关蛋白质。

此项研究成果采用“纲举目张”的研究策略构建了第一个人类器官蛋白质相互作用网络框架，为类似研究提供了可借鉴的研究思路；在国际上首次采用蛋白质相互作用网络阐释人类器官的功能调控特点；为认识肝脏疾病的发生分子机制和预防、诊断标记物和治疗靶点的发现奠定了基础。

高通量、全局性研究特定生物系统所有蛋白质的相互作用网络是国内外研究的热点和难点。欧盟、美国和加拿大等先后启动了针对不同物种的蛋白质相互作用组的大型研究计划。本项研究是中国科学家在国际上率先提出的“人类肝脏蛋白质组计划”的重要研究内容之一，该成果标志着该计划的研究又取得新的重要进展。