PET-CT作为当今最高端的医学影像诊断设备，虽能早期发现癌症病灶，但检查本身也伴随着风险。比如，100个人做了PET-CT体检，可能才查出3个恶性肿瘤患者，而其他97个人却承担了辐射风险，这并不值得。并且，PET-CT检查并不能检查出所有肿瘤，一般不给健康人作为体检推荐。因为，这项检查花费大，辐射较大，在发现空腔脏器（如食管、胃、肠等）病变方面还有盲区，加上食物残渣及肠蠕动等原因，不能代替胃镜与肠镜检查。
当然，对于一些必须要做的检查也不能盲目排斥。经研究证实，PET-CT显像对肺癌诊断相符率为90.70%，同时PET-CT显像可能会检出肿瘤标志物联合CT扫描未发现的远处转移，从而让部分患者改变治疗方式，避免接受不必要的治疗。但是，每种检查手段都有其优势，有时候在做PET-CT检查时，病人还须进一步进行普通的CT、MRI甚至B超检查。
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