隐形眼镜虽然方便，但佩戴的过程却让一些有害微生物有机可乘。美国纽约大学朗格尼医学中心（New York University's Langone Medical Center）微生物学家对眼球表面微生物进行了分类，发现隐形眼镜佩戴者眼球表面的细菌多样性要远高于不佩戴者。这种多样性差异能够解释，为何隐形眼镜佩戴者眼睛遭受感染的风险比不佩戴者要高7倍。

为了绘制眼部微生物组的图谱，研究人员对几百个眼部拭子样品进行测序，这些样品来自20个受试者的眼睛和眼睑，其中11个不佩戴隐形眼镜，9个佩戴。

实验结果显示，佩戴隐形眼镜者眼部的甲基杆菌属、乳杆菌属、不动杆菌属和假单胞菌属的细菌数量是不佩戴隐形眼镜者的3倍。前3种细菌通常无害，但是假单胞菌如果进入角膜破损处，会导致感染，引起充血、疼痛、视力模糊等症状。如果不及时处理，甚至可能失明。

纽约大学的莉萨·帕克（Lisa Park）说，这些细菌经常寄居在人类皮肤上。这说明，佩戴者的手指在佩戴隐形眼镜时充当了细菌入侵的“帮凶”。

在其他研究中，研究人员发现，使用一次性隐形眼镜的用户眼部细菌组成与自身皮肤上的非常相似，相似度比不戴隐形眼镜者高。帕克说：“虽然没有明确的联系，但这一现象非常有趣。”另外，隐形眼镜镜片对眼球的压力等物理特性也会促进细菌生长。

目前研究人员在样本中共鉴定出了10 000余种不同的细菌。芝加哥大学的微生物学家杰克·吉尔伯特（Jack Gilbert，未参与这项研究）说，确定病人眼部的微生物种类后，医生就可以有针对性地进行抗生素治疗。

不管怎样，要想完全避免感染，佩戴隐形眼镜者应该努力遵循最佳操作步骤：每次操作之前彻底洗手，使用新鲜的生理盐水冲洗和存储镜片，每3个月更换一次镜片。这至少能减少隐形眼镜上的细菌数。