乳酸菌死菌与活菌的功能存在一定差异，一般认为活菌产品的有益作用更强，也有研究报道，某些乳酸菌的死菌仍具有一定的益生作用。我国规定乳酸菌饮料必须在产品标签上明确标明杀菌（非活菌）型和未杀菌（活菌）型，消费者选购产品时可以通过标识进行区分。活菌型的乳酸菌饮料，其储藏、运输过程必须在冷链中进行，保证产品温度在2~8?C冷链条件下。脱离冷链会导致乳酸菌活菌数下降，且影响产品口感。消费者购买后应尽快放入冰箱冷藏保存。
　　

市场上还有一种产品为配制型含乳饮料，此类产品与乳酸菌饮料不同，没有经过乳酸菌发酵，而是直接利用乳或乳制品为原料，加入水、白砂糖和（或）甜味剂、酸味剂等配料调配而成，消费者购买时可以通过包装上的标识进行区分。

乳酸菌饮料与酸奶都是经过发酵的乳制品，两者的第一个不同在于蛋白质含量的差异，乳酸菌饮料蛋白质含量一般在0.7~1.0%之间，而酸奶产品的蛋白质含量远高于此；第二个不同是大部分活性乳酸菌饮料中的乳酸菌数量一般高于酸奶。

饮用酸奶可以获取较多的乳蛋白和乳钙，较低的乳糖、乳源性维生素和一定数量的乳酸菌，饮用活性乳酸菌饮料主要是可以获取较多的乳酸菌。消费者可以根据需求选购相应产品。