陈竺也在报告中说：“将逐步改革基层医疗卫生机构以药补医机制，维护公益性质。”为此，公共卫生机构将实行全额预算管理，政府设立的城市社区卫生服务中心（站）和乡镇卫生院等基层医疗卫生机构将探索实行收支两条线、公共卫生和医疗保障经费的总额预付等多种办法，实行严格的收支预算管理并探索改革药品价格加成政策。
所谓的实行公共卫生机构全额预算管理，也就是将公共卫生机构的财务收支全部纳入政府预算，其收入全部上交财政，支出全部由政府财政拨款。
对此，财政部社会保障司副司长余功斌称，2008年政府将提高对新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险财政补助的水平，财政补助标准将从现行的40元提高到80元，其中中央财政补助标准从20元提高到40元。
陈竺还透露，社区医院将主要是为居民提供疾病预防等公共卫生服务和一般常见病、多发病、慢性病等基本公益医疗服务，而大医院要承担急危重症和疑难病症的诊疗。
另外，医疗服务公益性将通过办好县级医院和每个乡镇卫生院来落实。在新医改中，政府将采取多种形式支持村卫生室建设，大力改善农村医疗卫生条件，提高医疗卫生服务质量。以县级医院为龙头、乡镇卫生院为骨干、村卫生室为基础的农村三级医疗卫生服务网络将加快建立和完善。
完善医保体系
在新方案中，以基本医疗保险、合作医疗、医疗救助制度为主体，其他形式医疗保险和商业健康保险为补充，覆盖城乡居民的多层次医疗保障体系也将得到加强。
“我国目前约4亿城乡居民没有被医疗保障制度覆盖。”陈竺说，到2008年底，新型农村合作医疗将基本覆盖到所有农村，并逐步提高筹资水平和报销比例，减轻个人负担。到2010年底，城镇职工基本医疗保险将覆盖所有城镇从业人员，届时，城乡医疗救助制度将得到完善，将对困难人群提供补助并积极发展商业健康保险。
据卫生部的最新统计数据：新型农村合作医疗制度从2003年开始试点，目前全国2448个县（市、区）已基本建立了新型农村合作医疗制度，覆盖7.3亿农民，参与率达85.9％；城镇职工基本医疗保险已覆盖1.7亿城镇居民，2006年筹资额达到1747亿元。2007年下半年，卫生部已在79个城市启动了城镇居民基本医疗保险试点。
