当前我国药品流通行业的管理基础比较薄弱，药品流通企业小散乱的问题比较严重，组织化程度比较低，在药品流通领域不规范竞争等问题依然存在，地方保护、商业贿赂等现象很多，我们加强药品流通行业管理的总体目标是全面贯彻落实科学发展观，制定行业发展规划标准，抓好行业信用体系建设等基础性工作，指导行业改革和结构调整，发展现代药品现代物流和连锁经营，建立健全药品供应保障体系，保障人民群众的用药，建立竞争有序的药品市场体系，引导行业长远发展。据医药商业协会统计，我国销售额超过500万元的药批企业有491家，占药品批发企业的3.7%，最大的前三家企业销售额只占同期医药商业市场份额的20%左右，行业的集中度和西方发达国家相比很低，美国的药品批发企业总共75家，前三家公司占据了美国市场份额的96%。由于我国药品流通数量众多，竞争激烈，全行业的销售毛利率从1996年的16.38%降低至7.07%，净利润率仅为1%左右。无论从应对国际竞争还是发展统一配送现代物流来看，都要加强行业的引导，要加快发展现代医药物流。

随着药品集中招标采购制度的推行，传统批发业务受到影响，物流配送服务商转变的趋势越来越明显，一些物流能力强、覆盖面广的大型批发企业依靠自己的优势，在竞争中发展壮大，中小批发企业由于未来生存的空间越来越小，药批发企业要深刻认识药品流通领域这一重大的调整，适应形势的发展要求，加快兼并充足，不断提高现代医药物流能力和水平。

要加快药品零售连锁企业发展，2008全国共有药品零售企业门店36.5万多家，在药品零售行业连锁经营是市场化国际化的大趋势，特别是在构建区域性的配送中心和门店的支持边远地方的供应，有利于企业自身的发展壮大。但是药品零售企业的发展目前面临一定的困难和障碍，比如一些连锁药店缺少处方药来源，如何克服连锁经营的困难，还要进行研究。