经过抗菌药物治疗后，即刻查幽门螺杆菌的消失比例称之为幽门螺杆菌的清除率，当治疗后停药1个月以上时，幽门螺杆菌仍阴性，则称之为幽门螺杆菌根除率。
幽门螺杆菌被清除后，于一个月内又有30%~100%转为阳性，所以清除率不能真正反映药物的疗效。目前评价一种或一组药物对幽门螺杆菌的疗效时，多强调根除率。
那么为什么根除幽门螺杆菌时不采用单药疗法呢？
体外药物敏感试验，幽门螺杆菌对多种抗生素敏感，然而体内证实真正敏感的抗生素只有阿莫西林、克拉霉素、四环素、甲硝唑、呋喃唑酮及庆大霉素等。单一应用这些抗生素中任何一种制剂根除幽门螺杆菌疗效很不理想，根除率为0~20%。铋剂虽然有杀灭幽门螺杆菌的作用，但单独使用时幽门螺杆菌根除率也不足20%。质子泵抑制剂虽在体外试验中有抗幽门螺杆菌活性，但体内证实单用质子泵抑制剂对幽门螺杆菌感染治疗也无效果。
因此对幽门螺杆菌感染的治疗必须采用联合用药，而不能采用单药治疗。
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