一、 第一大难题：面临会员单位的定位不清、战略不明难题

药店联盟的会员单位，都是中小连锁企业，很多本身就不知道自己以后的路该怎么走，其发展路径、发展战略、企业定位不清晰，只想从联盟中得到一些低价产品或者得到一些资讯、培训等其它好处。因此全国性联盟和区域联盟都将面临这样的问题：一盘散沙的会员执行力；联盟对会员没有约束力的会员制；雷同的产品品类和没有利润的低价产品（这与联盟为了营运和利润必须加价销售，加价少没有利润，多了会员又觉得价格高而越过联盟直接向厂家采购）；会员参与多家联盟以规避竞争的投机去巧行为；会员不知道自己需要什么，因此对联盟永远的不满意状况等。这些都是中小连锁的短期内会长期存在的问题，短期内较难解决。

二、 第二大难题：联盟本身的定位不清晰问题

笔者一直的观点是：连锁药店行业不缺医药公司作为其供应商，因此决不能把联盟做成医药公司，否则联盟就没有核心竞争力。中国目前还有13000多家医药公司；这些医药公司具有价格竞争力、快速配送到位能力、品种齐全、区位优势等。联盟在这方面没有竞争力。

联盟要构建自己的核心竞争力或者优势，必须从以下几个方面入手：

构建差异化的品类。必须是独家品类、独家厂家、独家规格的自有品牌或者总代理品牌供应商。舍此别无他途。目前可行的品类是药妆品、便携式器械、保健食品、非基药目录内独家品种、品牌产品的独家品规等。

联盟还必须能带领会员带来价值：如提升管理理念和水平、提供管理咨询输出服务、提供系列高水平的培训，会员也必须为此买单。天下没有掉下来馅饼，服务需要成本。

如果联盟仅仅是为了销售一些低价普药产品而联采，则是自己的定位不清晰的表现。必须明白你和一般的医药公司不一样，你必须有所不为才能有所为。