口服避孕药中的雌激素组分可促进肝脏合成与凝血相关的血清球蛋白（如凝血因子Ⅶ、Ⅹ和纤维蛋白原），从而增加静脉血栓栓塞危险。美国曾有一项研究显示，服用炔雌醇（<50μg）配伍炔诺酮或左炔诺孕酮者，发生静脉血栓栓塞的危险是未服用者的4倍，但其绝对危险仍低于妊娠相关性静脉血栓栓塞危险；服用含去氧孕烯复方口服避孕药者的危险为服用含左炔诺孕酮者复方避孕药者的1.7~19倍。因此，有不明原因静脉血栓栓塞史，或有与妊娠或外源性雌激素使用相关的静脉血栓栓塞史的女性，除非服用抗凝药物，否则都不建议服用复方口服避孕药。

过去的研究发现，口服避孕药的应用与深部静脉血栓和非致命性肺栓塞发病率的上升有关。但是近来的研究发现口服避孕药与致命性肺栓塞也有关系，服用口服避孕药女性出现下肢血栓导致肺栓塞的危险，出乎意料地高。新西兰的研究者回顾了近期生育期女性所有致命性肺栓塞病例，发现死于肺栓塞的女性有65%服用避孕药物。

此研究估计，口服避孕药造成女性肺栓塞死亡的几率为10.5人/年/100万，尤其是第三代避孕药（主要含去氧孕烯或甲地孕素）危险性较大。当然避孕药在存在危险的同时也存在益处，人们不必因此恐慌，只是应该充分认识可能的好处及可能的危险。