加州大学的Steven T. Harris博士报告，在基于T评分开始治疗骨质疏松之前，应警惕任何可能导致继发性骨质疏松的可能病因。通过详细询问病史、体格检查和实验室检查，大约可确定90%的继发性骨质疏松的病因，效价比很高。

据估计，不同年龄的男、女性人群中，37%~63%存在隐匿性继发性骨质疏松，这一比例在髋部骨折患者中高达60%~80%，在接受药物治疗的人群中亦超过50%。但迄今尚无以人群为基础的大规模研究探究隐匿性继发性骨质疏松的流行情况。

多项研究显示，骨密度低的继发性病因十分常见。一项连续纳入664例T评分≤-2.5的绝经后女性的研究显示，54%的受试者明确了骨质疏松的继发性病因。无已知继发性病因或之前实验室检查结果正常的173例受试者中，实验室评估显示55例(32%)有以往未被发现的骨密度低继发性病因，最常见的是维生素D水平偏低。

确定骨密度低的继发性病因难度较大，但可以将范围缩小到相对常见的原因，包括维生素D缺乏、高钙尿症、性腺功能减退、吸收不良、慢性阻塞性肺病、类风湿性关节炎和骨髓瘤等。此外，可引起继发性骨质疏松的药物包括口服激素、抗癫痫药、促性腺激素释放激素(GnRH)激动剂、孕酮、芳香酶抑制剂和超量甲状腺素等。年龄和疾病对于确定骨质疏松潜在病因均作用不大。如果在接受原发性骨质疏松治疗的情况下骨密度仍显著下降，则应当坚持完善实验室检查。