正如癌细胞一样，目前淋巴瘤的定义也出现了分化。在美国，约70万人患有该病，但在过去的几十年间，基于发生癌变免疫细胞的类型，淋巴瘤被细分成几十个亚型。药物公司将目标瞄向了这些亚型，并且一直要求将其划入“孤儿病”的范围。根据美国食品和药物管理局（FDA）给出的定义，“孤儿病”在当地是指那些尚无有效疗法且影响人群低于20万人的疾病。
2013年，FDA不下21次授予各种淋巴瘤药物为指定孤儿药。全部算下来，这个由罕见病药品开发办公室（OOPD）运行的项目在去年指定了260种申请药物为孤儿药。这创下了最高纪录，比2012年增长了38%。
然而，随着精准施药趋势的发展，一些人担心该项目有可能沦落为自身非凡成就的牺牲品。通过该项目给予药品开发商的好处如市场独有权，正使得孤儿药价格不断攀升。同时，由于针对常见病的药物申请停滞不前，FDA的一个主要收入来源正在受到威胁。
目前在马里兰州银泉市拥有一家孤儿药咨询公司的OOPD前主任Timothy Cote认为，孤儿药正在全面占据FDA业务。总的来说，去年FDA批准的新药里超过1/3是孤儿药。
1983年的孤儿药法案旨在给予药物公司丰厚的奖励，以促使它们生产并不值得投资的药品。 在药物开发过程的早期，公司通常会申请孤儿药指定权。如果最终某个孤儿药能获批入市，FDA会免除公司在新药申请时向其缴纳的217万美元用户费。公司还 能享受税收减免，以补偿临床试验遭受的损失，同时享有7年的市场独有权，其间相似药物的申请都会被阻止。
欧洲也有相似的计划：1999年，欧洲药管局针对当地每万人中影响人群低于5人的疾病创建了一项孤儿药指定方案。该项目还有一些其他的优惠政策，包括授予公司10年的市场独有权。因此，在过去的几年中，指定孤儿药数量出现了稳定增长。
如今，药品公司正纷纷涌向孤儿药市场，部分是因为很多常见病已经有很好的治疗药物，想要寻找实质上更有效的疗法非常困难。例如，目前已有几十种治疗糖尿病的药物，而且很多疗效相当不错。Cote认为，打造拳头产品的年代似乎已经结束。
同时，药品开发商也慢慢发现一些孤儿药的市场规模要比想象的大。例如，总部位于纽约的辉瑞 制药公司正在开发治疗镰刀状细胞疾病的孤儿药。尽管这种疾病在美国非常罕见，影响人群不超过10万人，但镰刀状细胞贫血在非洲很常见。马萨诸塞州辉瑞罕见 病研发小组首席运营官Alvin Shih表示，公司把这个因素考虑进来，并在断定罕见病将是一项不错的投资后，于2010年建立该研发小组。
尽管孤儿病非常罕见，但相关药物还是有利可图。例如，2012年，FDA批准了一种名为 Kalydeco的药物。它可以治疗一种会引发囊胞性纤维症的特定基因突变，而囊胞性纤维症在美国的影响人群约为3万人。这种药物只对约4%的囊胞性纤维 症患者有效，但这些病人每年要为此支付37.3万美元。
一些批评人士曾担心药物公司可能会人为地“捏造”疾病。为防止这种做法，FDA在2013 年6月颁发了一项规定以表明它的立场：药物申请公司必须为某种疾病的独特性提供科学可信的证据。然而，科学发展的日新月异创造了足够的机会提供这种证明。 遗传学家已经能够修正非常小的突变，使其变成罕见症状；病毒学家可以追踪流感病毒表面受体的进化过程；生物化学家发现了阿尔茨海默氏症等疾病中的错误折叠蛋白。
马里兰州罗克维尔市国家转化科学推进中心主任Christopher Austin介绍说，1999年人们只知道不到1000种疾病的机制，而如今隐藏在5000多种疾病背后的机制已经为人所知。“常见病正变得稀有，罕见病正变得习以为常。”
FDA对于孤儿药的定义已经超出了治疗某种特定疾病的药物范围。OOPD主任 Gayatri Rao表示，只要药物能有效治疗一小群常见病患者，例如针对那些之前治疗抑郁症药物不起作用的人群，就可以被指定为孤儿药。甚至被具有某种抗生素抗性的细 菌感染，都可能获得指定的孤儿药。
这些以及一种癌症的不同亚型与极其罕见的基因疾病完全不同，后者是建立孤儿药项目的最初动 机。例如，引起过早老化的儿童早衰症便是一种孤儿病，全世界不到250人受其困扰。“当时，人们根本无法预知肿瘤学会发展成现在这样。”总部位于伦敦、由 英国各制药公司组成的生物产业协会会长Steven Bates表示。
Cote认为，我们完全可以预见孤儿药或许有一天会占据FDA批准药物的大部分，而且这最终会使该机构的一个主要收入流大大缩减。217万美元的用户费已大幅上升，十年前这一数字仅为57.35万美元，而FDA要依赖这笔费用帮助自身运营。
同时，Bates表示，一些孤儿药过高的费用正引发欧盟保险公司和国家保健体系的担忧。例如，英国国家健康与临床卓越研究所正考虑可能的办法，如设定最高价格或让药品公司设置合理的价格，以减低这些昂贵药物带来的费用。
Rao表示，最终还是需要监管机构重新思考它们的战略。不过，迄今为止，FDA依旧很乐意看到孤儿药项目如此受欢迎。“这些都是长远的顾虑，我们还没到那个程度。在不远的将来，我们能看见的孤儿药当然是越多越好。”
