目前，在食品药品监管和司法实践中，对存在非法添加的食品（含保健食品）如何定性存在混乱，一种食品添加了药品，是按有毒、有害食品定性还是按假药定性，相关司法解释并未解释清晰；另外，对有毒、有害非食品原料的确定，也存在问题。
司法解释对同为添加药品的食品定性不一致。根据“两高”《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第二十条第（二）项的规定，国务院有关部门公布的《食品中可能违法添加的非食用物质名单》、《保健食品中可能非法添加的物质名单》上的物质，应当认定为“有毒、有害的非食品原料”，对在食品中添加上述名单所载物质的行为，应当以“生产、销售有毒、有害食品罪”定罪处罚。国家食品药品监管部门于2012年发布了《保健食品中可能非法添加的物质名单（第一批）》，在这个名单中所称的“可能非法添加的物质”，检验依据都是以药品补充检验方法和检验项目批准件为准，即都是按药品来检验。
事实上，在食品中可能添加的药品品种远多于《保健食品中可能非法添加的物质名单（第一批）》中所列品种。比如，酚酞与西布曲明一样，同作为减肥药中可能非法添加的药物，但《保健食品中可能非法添加的物质名单（第一批）》中并没有酚酞。如此一来，同为添加药品，添加西布曲明的保健食品，将以有毒、有害食品定性处理；添加酚酞的保健食品，则无明确的法律处理依据。
对添加酚酞的食品，行政执法中可以根据《食品安全法》第八十六条第（四）项规定，对非法添加药物的生产经营者予以处罚，但对于仅是销售添加酚酞食品的经营者，因其没有添加行为，却不能适用。刑事处理中，由于《保健食品中可能非法添加的物质名单（第一批）》中没有列出酚酞，对添加了酚酞的食品作为有毒有害食品的定性存在难度。有人认为可以用《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第二十条第（四）项的规定，将酚酞作为其他危害人体健康的物质进行定性。如果将《保健食品中可能非法添加的物质名单（第一批）》未列举的药品都作为“其他危害人体健康的物质”，那么，国家药典上记载的药品都是“有毒、有害的非食品原料”？只要食品中添加了药物，都按有毒有害食品进行定性吗？显然，这一观点是不正确的。
笔者认为，目前《食品安全法》和《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》对于食品非法添加问题的处理存在以下问题：一是出现同为食品中添加药物处理方式却不同的情况；二是没有厘清假药与非法添加药物的食品之间的关联，将本应按假药处理的问题食品作为有毒、有害食品处理。
鉴于此，笔者认为对食品非法添加问题，不妨采用“二分法”进行处理。即凡是经检验证明添加了国家药典载明的药品（国家允许添加的药品除外）的食品，一律按假药来处理。因为食品中添加药品的目的就是通过药品产生疗效，而给人以食品有治疗功效的假象，对此以假药定性打击，更符合产品违法的性质，处理起来也更符合逻辑。凡是添加有毒、有害物质的食品，一律作为有毒、有害食品处理。二分法的关键在于，不将药品视为有毒、有害非食品原料（或称为有毒有害物质）；食品外包装标示内容，不影响对非法添加行为的定性。
值得注意的是，这里的“有毒有害非食品原料”，可能包括一般化学物质、农药、兽药、各类非食用添加剂等，具体可按《食品中可能违法添加的非食用物质名单》及农药、兽药品种目录进行掌握。对新出现的不在《食品中可能违法添加的非食用物质名单》中，也不是农药、兽药的非食用物质，应当严格按法定程序科学论证，以确定是否对人体有毒有害。
《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第二十一条规定，“有毒、有害非食品原料”难以确定的，司法机关可以根据检验报告并结合专家意见等相关材料进行认定。根据刑事诉讼证据规则，法官对于鉴定结论的判定，是基于鉴定结论的作出主体、作出程序等情况进行的，而不是法官本身。而上述规定，实际是要求法官作出某种物质是否对人体有毒、有害的判定，不仅法官难以具备此方面专业知识，且违背了司法中立的立场。《新食品原料安全性审查管理办法》第四条规定，新食品原料应当经过国家卫生计生委安全性审查后，方可用于食品生产经营。根据此规定精神，笔者认为司法实践中，对某种物质是否为“有毒、有害非食品原料”，应当统一报由国家卫生和计生委审查确定为宜。