为更好地提高办案效率和行政执法水平，彻底打击制售假药的违法犯罪分子，目前各地食品药品监管部门都在探索联合办案机制，以实现资源共享、优势互补。但联合办案过程中，由于工作任务、性质和特点等不同，在实际工作中，还存在一些问题有待解决，主要表现在如下几个方面

组织形式的临时性

目前，联合办案多为遇到重大案件临时商量、临时合作的形式。因此，在办案人员组成和工作方案的制定上一般都是临时决定的，组织、行动上往往缺乏周密性、计划性，容易出现配合不默契、步调不一致、互相观望或各自为阵，甚至互相推诿的现象。这些问题不解决，就会影响双方合作办案的效果。

业务领域和工作标准的差异性

在联合办案过程中，各部门行政人员执行的是不同的法律法规，有着不同的行政权限。联合办案双方彼此不熟悉对方业务，导致双方在实际工作中很容易按照各自的工作思路和方法行事，调查取证工作往往带有较大的随意性和主观性。行动中互相取代，甚至超越职权、越俎代庖，把执法主体搞成组合体，即把执法队伍搞成“张三的衣服、李四的鞋帽”式的组合体，导致行政违法。

经费来源的短缺性

联合办案人员多，涉及面广，所需交通、通讯等费用较大，但目前联合办案经费来源短缺、上级拨付较少甚至没有联合办案专项经费，导致办案经费不足而查处不及时，联合办案效果大打折扣。