三、坚持以综合改革为途径创新体制机制
实现改革目标，必须革除以药补医机制，重新构建基层医药卫生体制机制，只有进行综合、系统、全面的改革，才能建立起新的体制机制。
取消药品加成是促进基层医疗卫生机构回归公益性的重要环节；但如果仅仅停留在取消药品加成，还难以建立起新的体制机制。多年来，基层医疗卫生机构实行以药补医，营利性日益增强，公益性日益淡化，这是基层医疗卫生机构诸多问题的体制根源，需要彻底革除以药补医机制。 2009年国家在全国部分基层医疗卫生机构建立基本药物制度，取消药品加成。由于基层医疗卫生机构药品加成率差异很大，取消药品加成进行财政补偿，很难确定合理的补偿标准，实践中难以操作，单一环节的改革难以奏效。同时，仅仅在取消药品加成进行财政补偿上做文章，由于没有切断基层医疗卫生机构、医务人员与药品销售之间的利益关系，没有根除由以药补医机制演变而来的利益驱动机制，公益性很难实现，改革也难以持久。因此，只有系统地推进综合改革，才能打破旧机制，建立新机制。
建立坚持公益性、调动积极性、保障可持续的充满活力的新体制机制，是基层医药卫生体制机制的重大变革，需要统筹推进综合改革才能实现。重新构建新的体制机制，首先要破除以药补医机制。以药补医机制在基层医疗卫生机构的运行中起着核心作用，是基层医疗卫生机构运行机制的基础。实施基本药物制度，取消药品加成，实行药品零差率销售，切断了以药补医机制的链条，建立在其基础之上的原有管理体制、分配制度、人事制度、药品制度、保障制度失去了存在的依据，必然会引起一场涉及管理体制和运行机制的根本性变革。因此，应围绕坚持公益性、调动积极性、保障可持续的新要求，统筹推进基层医疗卫生机构管理体制、人事、分配、药品、保障等制度的综合改革，使基层医疗卫生机构回归公益性定位，而不是营利性的机构；医务人员回归到看病防病的角色，而不是经营企业的商人；药品回归到治病的功能，而不是赚钱的工具。
四、坚持以机制建设为改革的重点
建机制是管全局、管根本、管长远的治本之策。推进综合改革，关键是要形成新的机制，这既是改革的目标又是改革的重点，要处理好政府与市场、公平与效率、激励与约束等关系，建立起改善服务、提高效率的长效机制。
一是推进管理体制改革，建立政府举办的基层医疗卫生机构公益性管理体制。坚持公益性方向，应将政府举办的乡镇卫生院、社区卫生服务机构定性为公益性事业单位，主要提供基本公共卫生服务和基本医疗服务，由所在县(市、区)卫生部门统一管理。合理核定人员编制，由编制部门实行总量控制、集中管理、统筹使用。这种核定编制与传统意义的核编完全不同，新的管理体制实施的是定编定岗不定人，编制不跟人走，只是作为聘用人员和核定收支确定补助的重要依据。这是编制管理的重大改革，由于定编定岗不定人，就为下一步的人事制度改革奠定了基础。同时，政府负责保障按国家规定核定的基本建设、设备购置、人员经费和其承担的公共卫生服务的业务经费，保障其正常运行。此外，鼓励和支持社会力量办医，满足多样化、多层次的需求。
二是推进人事制度改革，建立竞争上岗、全员聘用、能上能下、能进能出的用人机制。人事制度改革的核心是打破铁饭碗，重点是建立竞争性的用人机制。应坚持公开、平等、竞争、择优的原则，采取招考或民主推荐的方式选聘基层医疗卫生机构的负责人，实行任期目标责任制。期满考核不合格的，重新选聘。在负责人选聘之后，由负责人根据规定和实际需要设定各种岗位，然后进行全员竞聘上岗。所有具有竞聘资格的人员，通过考试、考核等方式竞争上岗，按岗聘用，合同管理，定期考核，优胜劣汰，能上能下，能进能出。
三是推进分配制度改革，建立科学公平、体现绩效的考核分配机制。分配制度改革的核心是打破大锅饭，避免基层医疗卫生机构纳入财政保障范围后出现低效率运行的状况。要实行“两考核、两挂钩”。建立以服务数量、质量、效果、居民满意度为核心、公开透明、动态更新的工作任务考核机制。卫生部门组织对基层医疗卫生机构进行绩效考核，考核结果与经费补助挂钩。建立按岗定酬、按工作业绩取酬的内部分配激励机制。基层医疗卫生机构定期组织对职工进行绩效考核，考核结果与职工个人收入挂钩。
四是推进药品制度改革，实施基本药物制度，取消药品加成。这是一项全新的制度，是让人民群众受益的关键环节。全面实施基本药物制度，基本药物和补充药品由省统一网上集中招标采购、统一定价、统一配送到基层医疗卫生机构，取消药品加成，实行基本药物和补充药品零差率销售。
五是推进保障制度改革，建立科学合理的补偿机制。在财政保障上，改革前基层医疗卫生机构实际上作为经营性事业单位来对待，财政补助数额少，既不稳定，又不规范。改革后，作为公益性事业单位，基层医疗卫生机构纳入了公共财政保障体系，实现了保障的规范化、制度化。政府举办的基层医疗卫生机构基本建设和设备购置等发展支出，由县(市、区)政府统筹安排；正常的人员经费和业务经费等支出通过服务收费，不足部分由政府给予补助；所有收支全部纳入县级国库支付中心管理。
