在临床试验开始之前，研究人员已知这种疫苗有严重的局限性，但在这个苦苦挣扎的领域中，它仍为大家提供了一线希望。两项较早期的研究显示，这种疫苗不能预防男女受试者感染上生殖器疱疹病毒。然而，当研究人员深入分析这些2002年11月21日发表于《新英格兰医学期刊》上的试验数据时，他们发现这种疫苗对一小部分女性有作用。特别是他们将目标对准那些在参加试验时没有感染HSV-1的女性，HSV-1是HSV-2的“堂兄”，会在口腔和嘴唇上引发感冒疮。HSV-1的感染可能提供了预防HSV-2的免疫保护。反过来，这种反应可能掩盖了HSV-2疫苗的作用。在注意到HSV-1呈阴性的女性后，研究人员得出这样的结论：这种疫苗在超过70%的情况下可以发挥作用。

基于此，美国国家过敏和传染病研究院投资2760万美元，用于对两种HSV均呈阴性的女性进行大规模的跟踪研究。研究人员意识到如果这种疫苗发挥作用，那么它的市场也很狭小：它的设计只针对女性，而HSV-1在发展中国家的传播却又如此广泛，因此这种疫苗在世界的大多数地方是无效的。即使如此，他们仍然希望能树立一个成功的榜样，但如今，希望却如肥皂泡般破灭了。

9月30日，美国国家过敏与传染病研究院和葛兰素史克制药公司公布了最新研究结果。研究人员受到打击后也很迷茫。哥伦比亚大学医学中心的疱疹专家劳伦斯·斯坦伯瑞领导了这种疫苗的早期研究，也是后续试验科学顾问委员会成员，他说：“这个结果让我们真正感到困惑。”

当研究人员分类整理试验结果时，许多人担心这些新结果会进一步抑制工业界对 HSV-2疫苗并不多的兴趣。葛兰素史克表示将不再研发这种特定的疫苗，目前也没有其他大的制药公司在实施 HSV-2 疫苗的临床试验。

哈佛医学院的病毒学家大卫·开普曾用弱化的HSV-2进行HSV-2疫苗的临床前期研究，他呼吁国家过敏与传染病研究院重整旗鼓，投资疫苗研究：“当公司对涉足风险领域的警惕日益增加时，投资就应该来自于政府和非政府组织。”

科里认为，新试验的结果表明，人类对HSV-2免疫学的认识仍然知之甚少。试验数据清楚地表明，预防感染的抗体不是解决问题的唯一答案，下一代疫苗应该是能递送杀手细胞清除负责HSV-2感染的细胞。也许，失败乃成功之母，他说：“这些新结果让我们重新确立了新靶标。”