欧美等发达国家药品进口的门槛非常高，因此我国肝素产品的出口主要为肝素原料药的出口，主要包括肝素粗品、肝素原料药和低分子肝素原料药，其中大部分为肝素粗品和肝素原料药，小部分为低分子肝素原料药。目前，肝素制剂基本上没有出口，只有少量肝素制剂出口到亚非拉等发展中国家。

我国是全球最大的原料药出口国，也是全球最大的肝素原料药出口国，目前肝素原料药已成为我国生化药类产品出口重点品种之一。2009年，我国生化药出口额为14.46亿美元，同比增长60.22%；从出口商品看，肝素钠2009年出口额为6.98亿美元，同比大幅增长208.77%，肝素钠出口金额占我国生化药出口总额的48%。

近几年来，我国肝素类产品出口增长迅猛，2001年出口金额为0.44亿美元，2009年出口增至6.87亿美元，增长了1461.36%，2010年1-7月出口金额6.75亿美元。

2010年上半年，我国肝素共出口到43个国家和地区，其中对34个国家和地区的出口显示为增幅。前5大出口市场依旧为法国、美国、德国、奥地利和意大利，占我国肝素类出口金额的比例在90%以上。其中对法出口量价大幅齐升，拉动我国对法出口增幅达246%。达到14.8吨，均价为12617.18美元/公斤。总金额1.867亿美元。