针对有的城市曾被揭露在申报国家卫生城市过程中弄虚作假的情况，卫生部出台《国家卫生城市考核命名和监督管理办法（2011版）》（以下简称《办法》），其中明确，申报城市必须通过专家组一个月的暗访考察，否则将取消其申报资格。 

《办法》中明确，对于受理的申报城市，全国爱卫会办公室原则上按照申报顺序适时派遣专家组进行暗访，并于暗访结束1个月内将书面意见和影像资料反馈给省、自治区爱卫会办公室及申报城市。申报城市根据暗访意见进行整改。暗访重点是抽查申报城市日常卫生管理和城市基础设施建设情况，并听取当地群众意见。对于未认真审查申报城市材料的省、自治区爱卫会办公室，视情况进行批评；对没有通过全国爱卫会办公室组织的暗访或技术评估的城市，由所在省、自治区爱卫会办公室督促其整改并验收后，向全国爱卫会办公室再次提交书面申请，经审核后，适时再次组织暗访或技术评估。对未通过再次暗访或技术评估的城市，取消其该周期申报资格并在下一周期内停止其所在省、自治区爱卫会申报资格。同一周期申报2个以上城市、暗访有60%以上未通过的省、自治区爱卫会，停止其下一周期申报资格。 

国家卫生城市每满3年复审一次。复查方式以暗访为主。根据复审结果，全国爱卫会对符合标准的城市予以重新确认；对未达标准的城市，暂缓确认，并限期1年进行整改；再次复审仍不合格者，撤销其命名。 

为客观、公正地做好检查评审工作，卫生部规定实行回避制度。自全国爱卫会办公室接到书面申请之日起至正式命名前，申报城市有关材料经由省、自治区爱卫会办公室报全国爱卫会办公室。整个评审期间，申报城市不得自行前往全国爱卫会办公室汇报工作。 

卫生部要求申报城市要实事求是，不搞形式主义和弄虚作假。不阻碍群众反映问题，积极配合评审工作。按照标准安排检查评审人员食宿，不安排与检查评审无关的活动。每个检查小组中现场陪检的主管部门负责人和专业技术人员人数不得超过3人。