鼻胃镜也可引起呕吐  超细电子胃镜的诞生使原本只能从口腔进入的胃镜可以通过鼻腔进入。人们畏惧行胃镜检查的原因最主要的就是呕吐反射，而引起呕吐反射其中一个刺激就是舌根。通过鼻胃镜检查就可以有效的避过舌根刺激减少呕吐反射，随之而来的后续效应就是患者精神放松，检查更加配合，出现咽部不适也相应减少。这的确是超细胃镜无与伦比的优势，但这并不意味着超细胃镜就不引起呕吐。

虽然呕吐反射刺激之一是舌根，超细胃镜可以避过这个刺激，减少反射，但是除了舌根之外，咽喉部和胃黏膜受到刺激后，同样会造成剧烈呕吐反射。因此超细胃镜检查虽然可以减少呕吐，但无法完全避免。而患者之所以觉得通过鼻腔进镜造成呕吐反应明显减少的一个主要原因是，精神比较放松，就如有些患者在多次检查胃镜后会发现检查的不适会一次比一次减少。

鼻黏膜刺激不可避免  超细胃镜是通过鼻腔进入的，所以最直接和最突出的“缺点”就是鼻腔道损伤，比如鼻出血，鼻部疼痛等。尽管这种情况的发生率仅8％，但并非绝对没有痛苦。毕竟鼻腔的黏膜比较薄弱，如果真的有所损伤，患者的痛苦还是相对比较大的。

另外，除了医生的技术水平外，就是鼻腔道的弯曲较多，如果患者鼻腔狭窄、畸形或过于敏感，镜身可能无法通过鼻腔。因此，有5%~10%的患者使用超细胃镜不成功。

有疾病遗漏的可能  人的胃腔是个像皮球一样的囊性脏器，需要通过充气打开才能观察清楚。如果病人有胃内黏液，需要通过胃镜的充水来清洗镜头，由于超细胃镜的充气、充水较小，检查时可能因气、水不足造成疾病遗漏或检查时间的延长。

科技的发展决定胃镜会变得越来越纤细，超细胃镜的确可以减少大多数患者的检查不适。但鉴于其现在还有众多“缺点”无法解决和检查治疗中的“不便”，目前作为替代传统胃镜的常规内镜应用于临床还为时尚早。