1. 2. 2 人类基因组DNA的提取: 取EDTA抗凝血2mL,分装, - 20 ℃冻存,采用大连宝生物公司提供基因组提取试剂盒提取基因组DNA, - 20 ℃分装冻存。
1. 2. 3 聚合酶链反应( PCR)条件: ICAM-1的PCR扩增反应体系均为20 μL,其中10 ×PCR Buffer (含镁离子) 210μL, dNTP1. 6μL (25 mmol/L) ,目的引物各0.8μL (10μmol/L) ,内参引物各0.16μL (10μmol/L) ,模板DNA510μL (100 ng/μL) , Hot Start Taq DNA聚合酶0.1μL (1 U /μL) ,加去离子水至20μL。把PCR反应管置PCR仪中95 ℃预变性4 min后进入循环扩增,即94 ℃变性30 s, 59 ℃退火50 s, 72 ℃延伸1 min,重复10个循环后,再于94 ℃变性30 s, 55 ℃退火50 s, 72℃延伸1 min,重复25个循环后,再于72 ℃延伸5 min。
1. 2. 4 扩增产物的分析: 5 μL 扩增产物与1 μL 上样缓冲液混合,用移液器将样品及DNA Marker依次加入已配置好的凝胶样品槽内,盖上电泳槽,以电压100 V电泳30~45 min,电泳结束后切断电源,取出凝胶,在紫外凝胶成像系统下观察结果。
1. 3 统计学处理 全部数据输入计算机,用Microsoft Excell软件处理,基因频率采用直接计数法,各组间的差异用χ2 检验, P < 0.05为差异有统计学意义。
2 结果
2. 1 ICAM -1 G241R和K469E多态性位点基因型判断 G241R 多态性位点的扩增产物长度为193bp,K469E多态性位点的扩增产物长度为127 bp,每两个孔道组成基因型,图1和图2从左到右分别为LC组(1、2泳道) 、CH组( 3、4泳道) 、AsC组( 5、6泳道)和SR组(7、8泳道)四组病人两个位点的代表基因型。
2. 2 ICAM -1基因多态性分析
2. 2. 1 G241R G→A多态性频率:研究发现此位点存在GG、GR、RR三个基因型, G、R 两个等位基因,分布频率见表2。经HardyWeinberg定律检验证实达到遗传平衡。虽然实验发现慢性持续性感染组总GG基因型的频率( 40.7% )高于急性自限性感染组( 31.7% ) ,但差异无统计学意义(χ2 = 1.38, P > 0.05) ,其他组间差异均无统计学意义, G等位基因在各组间差异也无统计学意义(表2) 。
