十二指肠梗阻
可能引起的原因为闭锁，狭窄或外在肿块压迫，十二指肠是仅次于回肠最易发生闭锁的部位(见下文)。唐氏综合征的患儿较易发生十二指肠闭锁。新生儿生后因肠管位置异常(见下文)可形成腹膜束带(Ladd带)压迫十二指肠引起部分或完全性梗阻，这些患儿易引起中肠扭转而需外科急诊手术。胆总管囊肿或环状胰腺都可压迫十二指肠引起梗阻。胆总管囊肿的婴儿同时也可伴发不同程度的梗阻性黄疸。
因为梗阻位置高，通常有羊水过多症状以及生后进食出现严重的胆汁样呕吐。X线典型表现为双泡症：第一个充满气体的大泡为胃，另一个为充气扩张的十二指肠梗阻的近端，在闭锁的远端很少或见不到气体。上消化道系列检查能显示梗阻部位和来源于胆总管囊肿的肠外压迫，亦能显示肠旋转不良而引起的梗阻。
如一旦怀疑为十二指肠梗阻，需立即停止喂养。持续鼻胃管吸引减压防止吸入呕吐物。经过适当的诊断检查后，需手术解除梗阻。
远端小肠和大肠梗阻
大多数病例存在羊水过多症状，因为吞咽的羊水由梗阻近端的肠管吸收，通常最初几次喂养可以是正常的，但以后1~2天出现腹胀加剧，伴有胆汁或粪汁样呕吐。婴儿生后可能排出少量胎粪，以后停止排便。
胎粪显微镜检查可见鳞状上皮细胞和胎毛(Farber试验)，这在正常情况下由于羊水的吞入也可存在。发现这些结构提示不像完全性肠梗阻但不能排除肠闭锁，因为有些通畅的肠段可以在妊娠过程晚期梗阻(如肠扭转)。一般的诊断和术前检查准备包括禁食，放置双腔鼻胃管减轻肠管扩张及呕吐物吸入，纠正水电解质平衡，腹部平片，钡剂灌肠检查明确解剖异常部位。
胎粪栓综合征
因为胎粪稠厚形成粪块引起的肠梗阻。
胎粪栓综合征可发生在正常的婴儿，但更多见于糖尿病孕妇及应用硫酸镁母亲的婴儿。稠厚的胎粪堵塞结肠引起完全性肠梗阻，出现停止排便，呕吐，腹胀。用泛影葡胺灌肠可显示胎粪栓，并可将其与肠壁分离，排除体外。尽管大多数患儿均为正常儿童，但如有其他症状或有明显家族史的患儿则需进一步作其他检查排除先天性巨结肠。
