Chen 等使SBCE 来确定ApoE 基因的58 个SNPs 的基因型[11]。58 个SNPs 中的55 个在初次实验就被成功分型。他们认为,由于DNA 多聚酶的等位基因鉴别的精确性、产物与其编址微球杂交的特异性以及流式细胞仪对各个荧光微球上反应信号读数的敏感性,使得SBCE 分析高效而可靠。
Cai 等也使用SBCE 法对HLA DPB1 位点的Glu96 变异体和HLA DPD1 位点的SNPs 进行基因分型。用这种方法,他们正确地确定了30 个样品2 条染色体上8 个位点的的基因型(即总共480 个位点)[12]。他们认为与其他SNP 基因分型方法相比,悬浮点阵平台具有几个优点,① 能区分结合或不结合的荧光基团,不必使用分离或清洗的步骤;② 敏感性高,能分析极低浓度DNA 模板;③ 引物延伸和杂交在溶液中进行,反应快速高效;④ 能同时对多个特征进行多通道分析。
Pickering 等使用ASPE 法,对来自101 个样品的全基因组扩增的DNA 进行细胞色素P450 (CYP)的CYP2C9 (*2 和*3等位基因)和CYP 2C19 (*2 和*3 等位基因)的基因分型分析[13]。结果与eSensor DNA 测试系统进行了比较,并经测序确认,两种方法确定的基因型别完全一致。稀释实验表明,1.5ng 的核苷酸足以用于PCR 和Luminex100 分析。以xMAP 确定的等位基因的批内和批间的变异系数(CV)分别≤4.1%和≤9.1%。
[注]ASPE:1.靶DNA与偶联了捕获序列的等位基因特异性引物结合并变性;2.靶DNA和引物在含有DNA多聚酶和dNTPs (其中一种生物素化)的反应体系中退火;3.引物延伸;4.偶联了ASPE 产物的捕获序列。OLA:1.靶DNA 与偶联了捕获序列的等位基因特异性探针结合并变性;2.靶DNA和探针在含有DNA连接酶和生物素化报告探针的反应体系中退火;3.寡核苷酸连接;4.偶联了OLA产物的捕获序列。SBCE:1.靶DNA与偶联了捕获序列的引物(针对每个等位基因分别反应)结合并变性;2.靶DNA 和引物在含有DNA 多聚酶和一种生物素化的ddNTPs 的反应体系中退火;3.引物的单碱基延伸;4.偶联了SBCE 产物的捕获序列